亚甲炎不治疗有可能自愈，因为亚甲炎本身属于自限性疾病，可以通过人体自身调节自行恢复。亚急性甲状腺炎通常继发于病毒感染，例如流感病毒或腮腺炎病毒的甲状腺亚急性炎症，如果无明显疼痛通常无需进行治疗。可能自己痊愈，亚急性甲状腺炎早期主要存在发热、颈部疼痛等症状，如果患者就诊主要是因为发热或疼痛症状，以退热、止痛等对症治疗为主。
中期症状主要会出现甲状腺功能减退，患者会出现乏力或体重增加明显，此类情况需要检查甲状腺功能。如果出现甲状腺功能减退需要以纠正甲减治疗为主，亚急性甲状腺炎属于自限性疾病，预后较好，通常不会遗留甲状腺功能减退。大部分患者可以恢复正常，但如果处于急性期，自愈可能性较小。亚甲炎本身具有一定复发率，因此亚甲炎患者建议进行规律治疗，因为规律治疗可以保证亚甲炎的复发率下降使甲状腺功能得到尽快恢复。
