婴儿消化不良，首先要减轻肠胃负担，可以少食多餐，给予清淡、容易消化的食物。另外可以帮助婴儿健脾胃、助消化，比如服用益生菌，调节肠道菌群，改善肠道功能，还可以给口服复方胃蛋白酶散、醒脾养儿颗粒等。此外可以针对腹泻、消化不良的症状，给予口服蒙脱石散等收敛止泻的药物。
同时要积极寻找消化不良的原因，比如婴儿吃得过多，出现不容易消化，注意少吃多餐。若由腹部受凉引起，注意给予腹部保暖，贴暖脐贴。若为呼吸道感染引起的胃肠性感冒导致消化不良，要积极治疗原发病。若由食物蛋白过敏引起，要规避过敏原，比如牛奶蛋白过敏，要用特殊奶粉喂养。若为乳糖不耐受引起，可以补充乳糖酶，或者食用无乳糖腹泻奶粉等特殊喂养。若由肠道细菌感染引起，此时要抗感染治疗，同时积极寻找原因。若效果不佳，可以在医生的指导下进行治疗，以免延误病情。
